Multialineamiento

El multialienamiento se realiza con el fin de observar qué partes de la proteína se conservan más, lo cual nos indicará que partes son importantes para llevar a cabo la función. Para realizar el multialineamiento, en primer lugar se hace una búsqueda de homólogos lejanos mediante PSI-BLAST.

Se escogen 6 de las entradas que se obtienen en el PSI-BLAST. Concretamente son las siguientes:

>gi|45243507|ref|NP_002926.2| eosinophil cationic protein precursor [Homo sapiens]

>gi|93004383|gb|ABE97105.1| pancreatic ribonuclease [Ailuropoda melanoleuca]

>gi|440900912|gb|ELR51937.1| Ribonuclease K6 [Bos grunniens mutus]

>gi|254972004|gb|ACT98223.1| pancreatic ribonuclease [Colobus angolensis]

>gi|257815393|gb|ACV70067.1| RNase 1 [Glaucomys volans]

>gi|5730386|gb|AAD48539.1|AF078125_1 ribonuclease 2 precursor [Eulemur fulvus collaris] 

A continuación, se multialinean las secuencias de estas entradas mediante el programa ClustalW, obteniendo el siguiente guide tree, que da una idea cómo se situarían las diferentes secuencias según su homología. 

Figura 12 : Guide tree

Posteriormente, se hace un análisis con el programa JalView de este multialineamiento.

Figura 13 : Multialineamiento visto desde JalView

En la imagen anterior se pueden observar una serie de residuos en color azul más oscuro, que corresponden a los residuos más conservados entre las diferentes especies, lo que indica que tienen cierta importancia en la función de la proteína. Los tres residuos catalíticos (Ver Residuos catalíticos y reacción) están conservados en todas las secuencias comparadas.