Estructura de la proteína

Estructura secundaria:

En primer lugar se expone la estructura secundaria de la ECP presente en la base de datos del PDB. A continuación se hará una predicción de dicha estructura con el programa JPred para, finalmente, poder analizar posibles discrepancias.

Según el análisis en el PDB, la proteína en estudio tiene la siguiente composición de estructuras secundarias:

• 17% hélices α(5 hélices*; 23 residuos) *Entre estas se incluyen las hélices 3/10, que son un tipo de hélice estructuralmente más compacta
•  27% lámina β (10 cadenas; 36 residuos)

Figura 14 : Estructura secundaria obtenida en PDB

Algunos programas como Jpred permiten realizar la predicción de la estructura secundaria de una proteína a partir de la secuencia de aminoácidos. Esto puede ser útil para clasificar las proteínas e identificar motivos y dominios funcionales y constituye un paso previo a la predicción de estructura terciaria.

Figura 15: Predicción Jpred

La proteína cuenta con 4 hélices alfa (en rojo) y 7 láminas beta (en verde). La primera de las hélices corresponde al péptido señal, lo que concuerda con que la mayoría de los aminoácidos que lo forman sean hidrofóbicos (marcados con una B). La mayoría de estas estructuras secundarias predichas por el programa tienen una fiabilidad alta, con excepción del péptido señal.

Comparando esta predicción con la estructura secundaria resuelta en el PDB, se observan algunas diferencias en cuanto a longitud de las estructuras secundarias, pero en general son bastante similares.

Estructura terciaria:

El PDB es la base de datos de estructuras proteicas. La proteína ECP cuenta con 6 estructuras resueltas diferentes. De ellas, la que interesa en este caso es la RMN, pues es la más fiable, permitiendo ver pequeños movimientos de la proteína (dinámica molecular). Además, la ECP no une ligando ni utiliza ningún cofactor para llevar a cabo la reacción que cataliza.

Figura 16: estructura terciaria

En la imagen anterior se puede observar que la proteína consta de una única cadena polipeptídica que contiene 5 pequeñas hélices α y 6 láminas β. 

La siguiente tabla muestra la clasificaciones CATH de la ECP:

Figura 17: Clasificación CATH

Para analizar mejor la estructura es conveniente utilizar PDBSum (CATH). Así, se concluye que la ECP  está formada por un dominio Alpha Beta Roll.

Presenta los siguientes motivos:

Figura 18: Dominio Alpha Beta Roll

• 2 láminas β
• 2 horquillas  β
• 1 β bulge
• 6 láminas
• 5 hélices
• 2 interaccione hélice-hélice
• 17 giros β 
• 2 giros γ 

 

Todo esto puede apreciarse en el siguiente esquema, donde se muestra además la presencia de 4 puentes disulfuro y se remarcan los residuos catalíticos:

Figura 19: Esquema PDBsum